Affymetrix miRNA 4.0 芯片服务

上海伯豪生物技术有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）作为上海生物芯片有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心旗下的专业技术服务子公司，不断强化各类生物芯片相关技术服务平台建设，为国内外客户提供专业化解决方案。在miRNA芯片服务领域，多年来进行了一万多份样品的miRNA芯片检测服务，协助客户发表SCI论文50余篇，平均IF4.6。

上海伯豪生物技术有限公司作为Affymetrix认证服务供应商，利用Affymetrix最新开发的 GeneChip® miRNA 4.0 Array为您提供优质的服务。

一、芯片特点：

• 高覆盖度-涵盖miRBase Release 20中所有成熟的miRNA序列；
• 新型的分析-采用同样的芯片可以检测人、小鼠、大鼠或其他物种的miRNA（同时检测203个物种的miRNA）；
• 信息量大-芯片结果包括：host gene ID、miRNA target genes、clustered miRNA等；
• 样本量低-仅需要130ng的total RNA。
• 高灵敏度：检测丰度跨4个log，可以检测到1.0 attomol的microRNA含量。
  

 

二、 芯片内容：

• 100% 覆盖miRBase v20数据库；
• 30,424个成熟miRNA；
• 5,214个人、小鼠、大鼠miRNA；
• 1,996个人类snoRNA, scaRNA；
• 3,770个探针专门针对人类、小鼠、大鼠前体发夹状序列设计。

探针数目：（人、大鼠、小鼠）

总探 针数	人			小鼠		大鼠
	成熟miRNA	Pre-miRNA	sno RNA和scaRNA	成熟miRNA	Pre-miRNA	成熟miRNA	Pre-miRNA
30,424	2,578	2,025	1,996	1,908	1,225	728	490

三、microRNA芯片服务流程图

四、数据分析：

上海伯豪为客户整合推出miRNA芯片分析全面解决方案（包括归一化、差异基因筛选、miRNA靶基因预测、 miRNA与靶基因网络图、miRNA-GO Network、miRNA-Pathway Network、miRNA的转录因子的预测、miRNA与表达谱芯片平台的联合分析）。

五、miRBase 20.0数据库相关更新情况：

miRBase 20.0数据库收录了来自约40篇新文献报道的3355条新的发夹前体序列和5393条新的成熟体microRNA，miRNA 发夹前体序列已升至 24521 条；成熟 miRNA 序列升至 30424 条。其中新增成熟 miRNA 中，人成熟的 miRNA 增至 2578 条（新增536条），小鼠成熟的 miRNA 增至 1908 条（新增627条），大鼠 miRNA 增至 728 条。其它物种，Gallus gallus [鸡]新增205条, Solanum tuberosum[马铃薯]新增332条，Populus trichocarpa [毛果杨]新增32条，Linum usitatissimum[亚麻]新增124条（亚麻为新增物种）。此外，还新增了一系列物种的miRNA序列，包括Ictalurus punctatus [斑点叉尾鮰]，Branchiostoma belcheri[文昌鱼]，Avicennia marina[白骨壤]，Prunus persica[碧桃]，Duck enteritis virus [鸭肠炎病毒]等。

六、SBC客户应用案例:

应用案例一：
Involvement of microRNA-Mediated Gene Expression Regulation in the Pathological Development of Stem Canker Disease in Populus trichocarpa.
PLOS ONE. 2012,7(9):1-13.
本文运用Affymetrix miRNA Array，real-time quantitative PCR (qPCR)来研究miRNAs，通过对miRNA的靶基因及miRNA启动子的分析证实了被杨树茎溃疡病病原及葡萄座腔菌入侵的毛果杨中miRNAs的基因表达类型。结果发现，miR156可能是植物中miRNA应答来自环境中的所有压力的不可或缺的组件。研究确证了miRNA通路调节了植物疾病病理发展中基因的表达，为探索杨树茎溃疡病的发生和发展提供了重要的线索。
使用服务种类：Affymetrix miRNA Array服务,相关芯片技术服务由上海伯豪完成。

应用案例二：
MiR-181a enhances drug sensitivity in mitoxantone-resistant
breast cancer cells by targeting breast cancer resistance protein
(BCRP/ABCG2). Breast Cancer Res Treat.2013, 139:717–730.
乳腺癌耐药相关蛋白（BCRP)/ ATP-结合转运蛋白G超家族成员2（ABCG2）调节乳腺癌多种药物的耐药性（MDR）。研究者探索了microRNAs在调节乳腺癌细胞中BCRP表达及BCRP-调节的药物耐药性方面所发挥的作用。经芯片检测、荧光素酶活性检测等方法验证后，最终发现MiR-181可能是乳腺癌中抑制及逆转药物耐药性的潜在靶标。
使用服务种类：Affymetrix miRNA Array服务,相关芯片技术服务由上海伯豪完成。

应用案例三：
A dsRNA-binding protein MdDRB1 associated with miRNA biogenesis modifies adventitious rooting and tree architecture in apple. Plant Biotechnology Journal.2013, pp. 1–10.
采用EST blast及RACE扩增的方法分离苹果的MdDRB1基因。接着进行表达分析，RNA结合及蛋白相互作用分析，将MdDRB1转化进苹果愈伤组织，体外组织培养条件下观察MdDRB1在miRNA生物起源、不定根生成、叶的生长、树木生长习惯方面的典型功能。研究结果证明MdDRB1在miRNA生物起源方面的功能比较保守，且是果树重要经济特征形成的主要调控因素。
使用服务种类：Affymetrix miRNA Array服务,相关芯片技术服务由上海伯豪完成。

单位介绍

•        上海伯豪生物技术有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心根据国内外研发外包发展的需要，整合旗下系统技术平台、商业化服务体系、高素质服务团队等资源成立的致力于研发外包服务的专业化公司。

  上海伯豪生物技术有限公司拥有六大服务平台：生物样品分析平台、微阵列芯片平台、新一代测序平台、生物标志物平台、分子检测平台、生物信息平台，凭借高标准的技术平台和多样化的服务等竞争优势，公司向国内外企业和相关单位提供系统的生物学研究全面解决方案。目前正在为多达18家跨国制药企业（包括排名前10位的跨国制药企业）和超过3000家的国内科研机构、医院等提供基因表达谱、基因分型、比较基因组学、DNA甲基化、miRNA、生物标志物筛选及确认、生物信息等技术服务。 

  公司拥有一支以上海为基础，辐射全国的强大市场营销队伍和销售网络，已设立华北、华南、华东三个大区十五个办事处，推广公司的主导技术服务、代理产品，快速提升公司品牌的知名度，扩大影响力。过去10年承接项目数超过10000个，用户单位3000家以上，协助客户发表SCI论文700余篇（影响因子共计3000多分），全面推动了中国基因组学服务产业的发展。 

  公司建立了规模化的质量控制体系，通过了ISO9001: 2008质量技术体系的认证，并参照GLP-L的标准，通过128个SOP文件对项目、样品、实验过程、生物信息分析过程、数据信息管理、保密等进行严格质控。尤其是数据管理，做到异地备份，保密管理。为用户的数据真实性、可靠性提供了保证。

  公司的系统化技术平台和高质量的服务体系得到了广大客户认可和合作伙伴的高度评价。公司平台陆续获得了国际知名高通量技术厂商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技术服务中心认证。公司于2012年获得诺华（CNIBR）优秀供应商奖（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商，是Agilent公司在国内唯一认证的服务提供商，先后被授予“Agilent公司亚太区最佳服务供应商”和“Affymetrix公司优秀服务商”称号。

  
  

单位资质

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