作物表型组学研究设施依托南京农业大学建设，2018年启动预研建设，2019年2月教育部和江苏省人民政府签署共建作物表型组学研究设施协议，以创建国家重大科技基础设施为目标，旨在实现作物表型的系统化与标准化，系统解析基因型-环境-表型关系，主要开展高通量表型数据采集与鉴定系统、环境模拟与检测系统、表型组-基因组大数据分析与整合系统研究等。设施占地面积约200亩，预计总投入14亿元，建成后将具有从分子细胞到组织形态多层次、多生境和全生育期多尺度，对六种以上主要作物进行年百万株及日百亩大田表型精准采集与深度解析的能力。为系统揭示作物表型形成规律与基因和环境调控机制、构建高效精准分子设计育种体系提供支撑，对于引领世界作物科学研究和农业产业发展，保障我国生物种业和粮食安全具有重要意义。截至2019年底，已建立一支人数为76人的科学素质高、专业门类齐全、经验丰富的国内外研发和工程技术队伍。