16S rDNA 扩增子测序：16S rDNA为原核生物中编码核糖体小亚基rRNA的DNA序列，具有9个高变区域（V1-V9）和10个保守区域，其中保守区反映细菌种属间亲缘关系，高变区反映了物种间的特异性，选择通用引物进行PCR扩增，进而通过新一代测序技术对16S rDNA的单个或多个高变区进行测序，来分析环境或者临床样本中古菌或细菌的群落结构多样性。

18S rDNA扩增子测序：18S rDNA真核生物中编码核糖体小亚基rRNA的DNA序列，具有可变区（V1-V9，没有V6区）和保守区。保守区反映生物物种间的亲缘关系，高变区反映物种间的差异。选择通用引物进行PCR扩增，进而通过新一代测序技术对18S rDNA的高变区（一般选择V4区）进行测序，来分析环境或者临床样本中真核生物群落结构多样性。

ITS扩增子测序：ITS分为两个区域：ITS1/ITS2，其中ITS1位于真核生物核糖体rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物核糖体rDNA序列5.8S和28S之间。通过新一代测序技术对ITS1或者ITS2进行测序，进一步做环境微生物中真菌多样性分析。

实验路线

数据分析流程

方案策略

技术参数

样本要求

环境及临床样本（干冰或冰袋运送）

土壤≥ 10 g（污染土壤样本要适当增加送样量，20 g）；粪便≥ 2 g；

水体样本：滤膜(0.22 µm滤膜) ≥ 2个；拭子样本≥ 2个；

DNA/PCR产物（干冰或冰袋运送）

DNA：浓度≥ 20 ng/μL；总量≥ 400 ng；DNA要有明显主带，无降解；OD_260/280= 1.8-2.0

PCR 产物：浓度≥ 20 ng/μL，总量≥ 400 ng，片段大小< 450 bp，条带单一，无降解，无引物二聚体

数据分析结果展示

案例解析

单位介绍

•        上海伯豪生物技术有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海国家工程研究中心根据国内外研发外包发展的需要，整合旗下系统技术平台、商业化服务体系、高素质服务团队等资源成立的致力于研发外包服务的专业化公司。

  上海伯豪生物技术有限公司拥有六大服务平台：生物样品分析平台、微阵列芯片平台、新一代测序平台、生物标志物平台、分子检测平台、生物信息平台，凭借高标准的技术平台和多样化的服务等竞争优势，公司向国内外企业和相关单位提供系统的生物学研究全面解决方案。目前正在为多达18家跨国制药企业（包括排名前10位的跨国制药企业）和超过3000家的国内科研机构、医院等提供基因表达谱、基因分型、比较基因组学、DNA甲基化、miRNA、生物标志物筛选及确认、生物信息等技术服务。 

  公司拥有一支以上海为基础，辐射全国的强大市场营销队伍和销售网络，已设立华北、华南、华东三个大区十五个办事处，推广公司的主导技术服务、代理产品，快速提升公司品牌的知名度，扩大影响力。过去10年承接项目数超过10000个，用户单位3000家以上，协助客户发表SCI论文700余篇（影响因子共计3000多分），全面推动了中国基因组学服务产业的发展。 

  公司建立了规模化的质量控制体系，通过了ISO9001: 2008质量技术体系的认证，并参照GLP-L的标准，通过128个SOP文件对项目、样品、实验过程、生物信息分析过程、数据信息管理、保密等进行严格质控。尤其是数据管理，做到异地备份，保密管理。为用户的数据真实性、可靠性提供了保证。

  公司的系统化技术平台和高质量的服务体系得到了广大客户认可和合作伙伴的高度评价。公司平台陆续获得了国际知名高通量技术厂商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技术服务中心认证。公司于2012年获得诺华（CNIBR）优秀供应商奖（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中国第一家认证的服务提供商，是Agilent公司在国内唯一认证的服务提供商，先后被授予“Agilent公司亚太区最佳服务供应商”和“Affymetrix公司优秀服务商”称号。

  
  

单位资质

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